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但是，在1952年这一年里，他在政治上的克制，并没有使他能生活得更加自在些。在他写信抨击黎巴嫩雪松医院董事长解雇李普曼的做法以后，这位董事长向杜布里奇反映了这一情况。杜布里奇将鲍林叫去训斥了一顿。鲍林为了平息杜布里奇的怒气，向他提醒道，这是他个人的行为，并非是公开的政治声明。鲍林的名字仍列在联邦调查局的治安监视名单上，洛杉矶的特工每天都要在《工人日报》上查看他的名字有没有出现。他们还通过安置在国家艺术、科学和专业人士委员会中的密探，监视鲍林在辛普曼案件中的一举一动，每隔六个月就向胡佛送一份完整的报告。1952年春天，鲍林的护照案已公之于众，一个联邦调查局密探就曾报告说，加州理工学院董事会又再次讨论了开除鲍林的问题，这一次他们考虑是否要中断合约，并且用他年工资4到5倍的金额作为校方向他支付的违约金。后来，他的护照签发下来了，这个方案也就搁置了起来。随后，快到年底时，布登兹在众议院调查慈善基金会的委员会公开指名道姓称鲍林是隐藏的共产党员——在沉寂了一年以后——鲍林的名字又在报纸的标题中出现了。
压力接踵而至。鲍林几乎已经完全中止了自己的政治活动，然而他的名誉却照样不断地受到攻击。既然是这样，再继续一声不吭又有什么意义呢？
艾森豪威尔竞选总统的活动刚结束，鲍林就在某些事情上打破了自己的沉默。他写了一封私信给即将离任的杜鲁门总统，请求他颁发行政命令宽恕罗森伯格一家人。鲍林相信，罗森伯格是在一次极其可笑的搜查原子弹间谍的行动中受到不公正指控和审判的。鲍林还在一些公开信上签名，要求废除1950年的国内安全法和史密斯法。1952年11月下旬，罗斯福新政的忠实信徒在当地的罗斯福俱乐部举行一次小型的集会，鲍林在会上发表了一篇演说，再次申述了他以前的左翼思想，要求当局采取宽容的态度，重新点燃了他埋在心底的火种。能有机会再次把心里话吐出来，他感到痛快极了。与会者中有一位家庭妇女，后来给鲍林写了一封信，使他特别受鼓舞。“您能站出来讲话，是一位真正的男子汉，请接受我崇高的敬意和诚挚的感谢，”这位妇女写道。“您在采取行动时表现出来的勇气，您在思考时显示出来的真诚——在大庭广众之中——是一件非常振奋人心的事。我相信，由您燃起的烛光必将普照到四面八方。”
在此之后，他又再次沉默了。事情很快就变得很清楚，艾森豪威尔执政初期的那些岁月，对于他那样的左派分子决非是翻身出头的日子。艾森豪威尔在反共方面似乎执意要超过杜鲁门。他任命了许多右派人士担任政府的要职，其中包括起用狂热反共的杜勒斯替代国务卿艾奇逊——此时，国务院这个部门仍然不断受到攻击，被人指摘为左翼分子同情者的一个堡垒。在艾森豪威尔的班子中，另外一个人是奥维塔·卡尔普·霍比，这个女人被任命为新的卫生、教育和福利部部长。她上任后，很快就扣发了共产党嫌疑分子亨受的联邦政府的资助。
霍比的高升给鲍林带来了直接的影响。1953年秋末的一天，他得到通知，其中没有任何详细的解释，他从美国公共卫生服务处取得的资助要停发——总数是6万美元，原本是用于对氧基聚明胶和蛋白质结构的研究。美国公共卫生服务处隶属于新设立的卫生、教育和福利部，霍比是部长。鲍林对取消资助一事百思不得其解，因而打了一个电话到该部要求提供有关的内情。
最后，他与一位持同情态度的经理取得了联系，这位经理建议他重新申请，不过得换一种方式。他对鲍林说，不要用多位作者（其中也包括鲍林）的集体名义申请大笔资助，而是用这些研究人员个人的名义将项目分割成一个个细小的课题，各自提出资助的要求。鲍林尝试了一下，一个课题借用了坎贝尔的名义，另一个课题用的是科里的名字。这两个课题马上就得到了资助——与要求相比，不但时间更长，而且提供的资金也更多。但是，鲍林在用自己的名义提出申请时，就再也没有下文了。
显然，鲍林并不是唯一上了卫生、教育和福利部黑名单的科学家。加州理工学院其他左翼学者的资助也被切断了，这就促使校方向华盛顿方面提出了警告：要是不采取某些措施，他们将起诉有关方面违反了合同。全国至少有40名科学家因为政治信仰而受到惩罚，他们从美国公共卫生服务处申请到的资助被取消；至于到底有多少人首次提出的申请被驳回，那就不得而知了。
鲍林竟然没有一下子看穿在美国公共卫生服务处采取的这些措施背后的真实原因，可见他在政治上是多么天真，他与加州理工学院校方之间的关系是多么糟糕。后来，当他将那个机构的行为讲给比德尔听时，他才真正了解到事实的真相。比德尔盯着鲍林看了很长一会儿，然后对他说，这一切当然与政治有关。“难道您还不知道发生了什么事吗？”比德尔问道。“他们就是不让您的名字出现在接受资助的名单上。”鲍林听到这话时，目瞪口呆了。他虽然对冷战的国内因素是一清二楚的，但是，堂堂的政府机关，本身的职责就是提供研究的资助，竟然也感染上了反共狂热症，这实在难以想象了。正如他后来所说：“你可以想见，我那时是多么幼稚呀！”
鲍林向美国公共卫生服务处申请的科研资助，一共拖了两年多时间，最后他终于收到了批准下发的通知——也就是在霍比辞职的那一天。
不过，鲍林仍然坚持不谈论有关政治的问题。要不要给他签发护照的事，现已演变为一二再三地上演的闹剧。他每一次提出申请，希普利都提议拒发，于是鲍林不得不再三提醒有关方面注意他动身的日期，时间一次比一次更紧急。经过接二连三的拖延，希普利的上司就会出面否定她的意见。鲍林则一面准备行装，一面耐心地等待。他的护照往往要在出发前的一两天才能拿到手。
1953年秋在帕萨迪纳开过那次有关蛋白质研究的大型研讨会以后几个星期，鲍林接到了一封邀请信，要他去以色列参加新的魏兹曼科学研究所的落成典礼。这是一次短期访问，他将在那里见到一个自己很感兴趣的新国度，并要在国王大卫宾馆举行的招待会上会见以色列总理大卫·本·古里安和他的夫人。在访问之前，他又得重复那老一套的经历了。
但是，他这次中东之行却惊动了杜勒斯的国务院。那时，已任命了一位新的负责护照安全的官员，此人名叫司各脱·麦克利德，是联邦调查局的一名特工，一名死硬派反共分子。这个人发现自己与希普利的看法完全一致。他们两个人一起开始更加严格地限制公民出游的权利。麦克利德与非美活动调查委员会、参议员麦卡锡和联邦调查局都有电话通讯的联系，因此有条件从各方面来源了解鲍林的情况。麦克利德进行了布置，在鲍林访问以色列期间，将有陆军情报人员严密监视他的活动；一直到后来有报告称，鲍林并没有说什么非常不妥的话，对他的监视才放松了一些。
鲍林在11月初回国后没几天，又一次提出了远游世界的申请。这一次，他想带爱娃·海伦一起去印度待一段时间，因为他接到了该国政府的邀请，要他出席印度科学大会，作几个星期的科学讲演，并去孟买参加一个新建实验室的落成典型。他计划于12月中旬动身。鲍林急于想看一看印度，这个国家在尼赫鲁的领导下正在成为所谓的第三世界的领导者。第三世界是由一些既不与美国也不与苏联结盟的新兴国家组成的。鲍林从尼赫鲁身上看到了一条介于共产主义和资本主义之间中间道路的希望。
至于国务院对印度也颇感兴趣，在相当大的程度上是出于同样的原因，不过看问题的态度就不那么积极了。根据政府的分析，印度正在向左转，脱离了西方的轨道。在这样的形势下，让鲍林这类持不同政见者到那里去访问，给美国抹黑，特别是考虑到他即将参加的会议另外还有六七名俄国科学家当主角，那就更不是一件好事了。因此，希普利提议拒发鲍林的护照，就得从新的角度加以认识了。
一直到12月初，鲍林还没有听到关于护照的任何音讯，他请求国家科学院院长戴特列夫·布隆克帮助。布隆克担心，要是政府再次拒发鲍林的护照，就会给全世界科学界带来不良的印象。于是，他与希普利会了一次面，进行了一次冷冰冰的交谈。希普利告诉他，印度是一个“敏感的地方”，对鲍林这次访问作出的任何决定，都要考虑到其他一些部门的意见，比方说，安全部门首脑麦克利德就是其中的一位。她说不清楚到底何时才能作出最后的决定。布隆克将这一消息电告鲍林时，提醒他注意，麦克利德是麦卡锡手下的一名干将。在布隆克的电话之后几个小时，国务院的一位官员就打电话告诉鲍林说，在他预定出发的日期之前，不会有任何决定。
鲍林感到非常愤怒，他直接给希普利挂了电话。他强压怒火，向她解释说，这次旅行纯粹是为了科学和观光，他绝对不会发表政治演说。作为回答，希普利反问道：建议赦免犯有原子弹间谍罪的人，他当作怎样的解释？鲍林对她讲，要是扣着他的护照不发，在公众中将会产生不良的后果。她告诉他，此事的决定权在上面的人手里。
这就超过惯常那种拖延的范围了。鲍林怎么也不敢想象，希普利的办公室会重犯1952年所犯的同样的错误，他们就不怕冒犯了世界科学界，竟然执迷不悟地剥夺他出外旅行的权利。况且，他一直约束着自己，切断了与共产党有关的组织的联系，放弃了进行政治演说的机会。不管怎么说，他的护照不应当遭到拒发的命运。
他和爱娃取消了安排在前面的几次约会，重新安排了动身的日期。他们打算迟一周出发，也就是23日。鲍林致函杜勒斯，主动提出到华盛顿走一趟，在圣诞节前的一个星期中找一个时间与他谈一次。结果无回音。他又一次写信，同时还调整了自己将要搭乘的航班。在信中他提到，他将在出发的那一天上午9点钟前往纽约护照办事处。同样，他也没有收到回信。
12月21日，鲍林乘飞机到达纽约，随身带着出外旅行3个月的行李。第二天上午，鲍林来到纽约护照办事处。他既没有领到护照，也没有得到解释。他怒气冲冲地回到了下榻的旅馆，拨通了杜勒斯办公室的电话。有人对他说，国务卿不能与他在电话里讲话。跟他谈话的是国务院科学顾问。他告诉鲍林，有关他的护照已作出最后的决定，至于具体的内容，他不能说。
那天下午晚些时候，也就是鲍林原定乘坐的航班起飞后两小时，国务院的一名代表打电话告诉他，已决定拒发他的护照。此人还对他说，对这一决定，他可以向护照申诉委员会提出书面的上诉。
鲍林已无意这样做。他与自己的律师商讨了一次——律师告诉他，29日将安排有国务院官员参加的一次听证会——鲍林和爱娃又乘飞机到了华盛顿。他曾设法与希普利会面，但没有成功。于是，他在海一阿达姆斯宾馆与爱娃·海伦一起过了一个没有欢乐的圣诞节。接下来就等待即将举行的听证会。
与此同时，他请求布什和康普顿做他的担保人。这两个人都给国务卿写了信，向杜勒斯保证，鲍林是清白忠诚的，尽管“若干年以前他曾深深卷入过一些政治活动”。终于等到了举行听证会的那一天，鲍林和爱娃到了场，预期最后能与希普利作一次面谈。但是，他俩被领到了一个房间，只见希普利手下的一个人坐在一张桌子旁，桌子上堆着一大叠文件。这个人“每隔一会就翻一下这些材料，接着就问一个问题，”鲍林回忆道。他询问了鲍林参加共产党外围团体的情况；鲍林解释说，他已经从这些团体中退出。他又向鲍林打听罗森伯格一家人的情况，鲍林解释说，他只是关心这家人受审的方式，并不是支持共产党人的事业。鲍林还被问到，他曾寄过10美元钱给一个因为是共产党员而被解雇的学者，帮助他筹集出庭辩护的资金，到底有没有这回事；鲍林回答说，他也曾寄过类似数目的钱款，帮助过铁幕后面的知识界难民。他又再次被问到，他是否参加过拯救红木团；鲍林根本就不相信竟然会提出这样的问题。
第二天，针对国务院关心的每一个问题，他和律师合作起草了一份宣誓书。12月31日，他被告知说，还有许多其他方面的事可以推溯到很多年以前，他必须用书面的形式详细地将自己过去在政治上所有的情况讲清楚。
鲍林说，在这么短的时间内，他无法做到这一点；要他作如此全面的回顾，他一点思想准备都没有。他的所有档案和资料全在帕萨迪纳。此时，他已经没有办法给有关方面在印度为他作出的安排作出及时的回复。
他和爱娃·海伦撤回了申领护照的要求，接着就乘飞机回家了。
“真是活受罪，”鲍林后来回忆道。整个事件花费了他们整整两周的时间，来回折腾一共用去了两千美元。
不过，这一次，国际上并没有什么强烈的反响。鲍林对自己遭遇的麻烦，一声都未吭。他避开了新闻媒体，只是发了几封信给一些有影响的人，表示了自己的抗议。其中有前最高法院的法官欧文·罗伯茨，此时他担任了美国哲学学会的主席。“我认为，国务院的行动有可能是麦卡锡惧怕的结果，”鲍林在1月份给罗伯茨的信中这样说，“不过，可能性更大的也许只是希普利夫人本人感到很恼火，因为在1952年春天国务卿曾采取行动否定了她在我的护照问题上作出的决定。”
他打算循规蹈矩照章程办事。他将自己收到的邀请信按时间的顺序排列好，计划在1954年底左右的一段时间里到日本、希腊和泰国作学术报告，并且以此为策略，再作一次申领护照的努力。不过，这一次申请的时间得大大提前，并且要附上手头备有的全部证明和材料。他将不声不响地做这件事，尽量避免发生争议的情况。他希望让杜布里奇和其他校董们放心。
不去摇撼这条船，这是很有道理的。几乎让每个人都非常吃惊的是，洛克菲勒基金会批准了鲍林和比德尔要求资助150万美元的申请，从而为最终建成教会实验室扫清了道路。这是鲍林得到过的最大一笔资助，也是对他在加州理工学院始终享有的巨大威望的肯定。这原本是一件天大的喜事，但不知是什么原因，并没有出现欣喜若狂的场面。在新大楼里到底要干什么事，鲍林心里仍然没有底。1月和2月，他本来打算到世界上一些地方去走走，现在则忙于寻找分子手段来对付疾病的新方法，从而将令人失望的胶原蛋白问题抛到了一旁。他对新大楼所需的设备作了一些具体的安排。他还查阅了一些有关大脑化学功能的资料，这一广阔的研究领域也许比较容易出成果。他在第125届美国化学学会全国代表大会上，主持了�