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希普利则一直在注视着鲍林将会采取怎样的行动。当她在公开谴责她的政策的人的名单上见到鲍林的名字后，就更加横下了一条心。1951年10月下旬，为了答复鲍林先前提出的颁发护照以便让他到欧洲和印度作一次旅行的要求，希普利提议国务院安全办公室进行一次专门的调查。调查的时间不长，目标也很明确。国务院的官员查阅了联邦调查局的有关档案，并且会见了一个不愿透露姓名的人，得知鲍林是“一位知识界空想改革家”，是在他妻子的指使下才参与政治活动的；而他的妻子则“完全是一个政治上的愚民”，她“时时刻刻都要使自己的丈夫相信，他是当今世界上最伟大的三位思想家之一，对于那些消息闭塞的无知百姓，他应当义不容辞地承担起领导的责任，显示自己的能力”。
根据这一信息，希普利认定“有足够的理由相信鲍林博士是一个共产党人”，因此拒绝给他颁发护照。对于情人节那天发生的拒发护照的通知，鲍林愤怒地作出了反应，他向杜鲁门发了一信，要求他“纠正这一做法，督促有关方面将护照发给我。我是一名忠诚自觉的美国公民，从来就没有从事过有损于国家利益或违纪的活动”。他还随信附上了杜鲁门以前颁发给他的军功章证书的复印件。总统秘书在回信中称，这纯粹是护照处的决定，白宫已经要求重新审核。但是，希普利却毫不动摇，杜鲁门办公室就再也没有任何表示了。
4月，为了使事情简单一些，鲍林决定将自己的行程局限于英国，就此写了一封彬彬有礼的信给希普利。信中提出，鉴于当月晚些时候他要到美国东部出差，能否在她方便的时候与她面谈一次。他还在信中谦恭地提到，到华盛顿去的目的是主持海军科研办公室的一次会议。随后，他又请阿伯拉罕姆·林肯·威林为他的案子担任律师。威林和鲍林先后向护照处寄去了就业资格审查委员会关于鲍林的听证会书面记录、俄国人攻击鲍林的书面材料以及他得到的许多奖状的复印件。
但是，希普利的决心已定。4月18日，她再次书面通知鲍林，他的护照不能颁发。
时间已经非常紧迫。英国皇家学会会议定于5月1日举行。4月21日，鲍林和爱娃亲自上访护照处。他们在会客室等了片刻，然后有人将他们领到了露丝·希普利面前。希普利举止僵硬，双唇紧闭。鲍林夫妇心想，她是一位公仆，因而对其彬彬有礼，当然，言辞中也不失坚定。他们要求希普利说明不发护照的原因。鲍林后来回忆时说，她的回答是有关他进行共产党领导的活动的“一个相当含糊空泛的一般结论”。她干脆不让来访者继续询问，明确示意拒发护照的决定是她权限内的事，决定是她亲自作出的，争论下去将毫无意义。然后，她将两人领到了安全和领事事务科科长办公室。这位科长要求鲍林提供能表明自己不是共产党人的书面证据。鲍林请人连夜从帕萨迪纳航空邮寄有关的文件资料，第二天就将这些文件送去了。在这些文件中，有一份就是声明自己不是共产党员的宣誓书。结果，对方冷冰冰地对他说，他们会尽快作出决定。至于到底在什么时间，则无可奉告。
此时，鲍林已经完全绝望，真是欺人太甚！他以受人尊敬的公民身份亲自前来解决问题，但是有人竟敢像对逃学成性的顽童一样对他无礼。
他再次调整了自己的出访计划，打算改乘晚些时候的一次飞机航班。另一方面，他又继续进行抗议活动。他甚至设法让国家科学院院长写了一信。然而，这一切仍无济于事。4月28日，能将他送到伦敦的最后一次航班离起飞只剩两个小时了，他收到了最终决定，他的护照不予签发。鲍林第二次致电英国皇家学会，说明他已无法出席以他的名义将要召开的那次会议。
发起召开这次会议的英国人简直不敢相信这是事实。大多数与会者曾在一次正式的茶话会上得知，鲍林将于会议开始前一天到达。有一位与会者在后来回忆时说：“大家都非常震惊，美国国务院以危险人物为名阻挠这位伟人参加会议，真是愚蠢之极，令人气愤。”
当这一消息传开时，科里和理工学院晶体学家休斯已经抵达伦敦。科里内定在会上作他自己的一次报告。鲍林曾关照过休斯作好思想准备，代替他在会上进行活动，但是，这竟然真的发生了，实在令人啼笑皆非。在蛋白质结构研究的历史上，这终究是最为重要的报告之一，鲍林当然应当亲自到场发言。休斯事先没有听到任何消息，因此直接去希思机场迎接鲍林可能搭乘的最后一次班机。他眼巴巴地望着飞机舷梯，至终都未见导师踪影，这下才开始当起真来，看来只得由他代作报告了。那夜，他在下榻的旅馆房间里，临时抱佛脚，反复阅读鲍林事先准备的手稿，上面有二十多处注明需要用计算尺核对的数据。这是一份长篇讲演稿，休斯反复演练，希望能保证正好用完会议限定的时间。
第二天上午，休斯怀着兴奋紧张的心情，踏进了皇家学会庄严华丽的会议厅。他走上主席台，此时才得知，他发言的时间是20分钟。“我站在那里，面对皇家学会的听众，身后上方挂着查理二世的油画，头脑里还在思考到底将报告中哪些内容删去，”他说。科里首先报告，论题与氨基酸有关；与此同时，休斯则紧张地在发言稿上东画西划，砍去一行行的字句。轮到他作报告时，还未来得及编辑整理。这样，他只能提纲挚领地回顾鲍林研究结构的化学方法——肽基的平面性状所显示的重要意义，原子之间的距离和键角的正确数据，氢键结构的最大化——此时，预定时间已到。一位听众注意到讲演的准备工作非常糟糕，提议让休斯的讲演延长10分钟时间，这才让他有机会读了鲍林的最后结论：“鉴于这一研究方法至今已经取得成功，我们似乎有理由相信有人为多肽链设想的结构，与目前已经证实的某些结构原理相距太远，……因而可以排除在我们考虑的范围之外。”要是鲍林在场朗读这些字句，他的声音中一定会显示出慷慨激昂的自信。休斯坐了下来，如释重负地松了一口气。会场上响起了一些零星的掌声。
那天，在接下来的时间里，休斯记得：“这些英国人坐在那里，对我们说这也不是，那也不是。”阿斯特贝里率先发难，提醒大家说，阿尔法螺旋无法解释5。1埃的反射现象，而他本人提出的扭曲缎带模型能够做到这一点；鲍林计算的密度“误差太大，因而是不合理的”；鲍林忽视了测链的相互作用；过分依赖于从人造多肽中测得的数据，等等。多萝西·霍奇金则持中立的态度，她在报告中称，她所得到的胰岛素衍射图既不能支持阿斯特贝里的模型，也无法说明鲍林方法的正确性。伯纳尔重申尚无充足的证据说明任何球蛋白中存在阿尔法螺旋。伊安·麦克阿瑟指出，鲍林在作数据计算时，对别人的批评意见采取了不以为然的态度，并且提到，“有时候，阿尔法螺旋既可以用于对误差的解释，又可以用作对事实的说明。‘怖拉格则可以免开尊口了。
最后荣幸地赢得发言机会的是研究血红蛋白的美国学者约翰·埃德塞尔，只有他为鲍林作了辩解。他称赞鲍林的化学方法是“在我们为蛋白质多肽链的可能结构进行思考的过程中一个重要的里程碑”，他还将阿尔法螺旋称为“蛋白质化学领域中具有伟大的创造性思维成果之一”。
但是，还是产生了无可挽回的影响。休斯感到，加州理工学院的小组已经成为众矢之的。特别是在那一天结束时，他和科里都急于批驳这些英国人的批评意见，但只被允许用5分钟时间。“我十分生气，”休斯回忆道。“我写信告诉鲍林，我感到我们上当受骗了。”
布拉格也感到有些后悔。会议一结束，他就致函鲍林称，与会者对鲍林的缺席感到遗憾。“大家对您提出的阿尔法螺旋进行了热烈的讨论，有些人对您的模型仍表示怀疑，要是您亲自在场，就可直接回答他们的问题了。”至于他本人，布拉格补充说，他相信阿尔法螺旋“在本质上是正确的”——至少在人工多肽的情况下是这样。
尽管鲍林关于蛋白质的思想在英国受到了冷遇，但大家对他在护照问题上受到的刁难都表示同情和不满。首先，在5月11日的会议上，美国国务院科学顾问乔·科普夫里本人就受到一群怒气冲冲的英国科学家的围攻，他们同声谴责了美国政府的旅游政策，认为这与俄国人的政策没有什么两样，是不得人心的。英国的左翼报纸大肆宣扬了这一事件，伦敦《工人日报》的醒目标题是“笼罩着科学家的铁幕”。
5月5日，美国国务卿艾奇逊读到了一份刊登在那天上午出版的伦敦《时报》上一封来信的电传稿，作者名为罗伯特·鲁滨逊爵士。他是英国重要的有机化学家，诺贝尔奖金获得者。在一般人的心目中，鲁滨逊是一位言辞谨慎的人，但是，他在鲍林事件上，严厉斥责美国国务院的“蛮横”行为。“要是假装事先根本不知道美国当局为什么要采取这种严厉行动的原因，那就是自欺欺人，”他写道，“但是，这并不等于说我们对此就可以置身事外而不感到震惊。”美国驻伦敦使馆的一位官员在一封旨在辩护的照会中强调：“这一事件不可避免地会严重损害美国的利益。”
来自法国的消息也同样糟糕。英国皇家学会会议结束后两天，法国人将鲍林选为定于夏天召开的生物化学讨论会“名誉主席”，这是对美国政府的当头一棒。法国科学家异口同声地谴责鲍林事件；一位生理学家对美国驻巴黎的科学专员称，美国人一定是“神经失常了”。鲍林事件成了左翼《人道报》上头版横幅大标题。该报还报道了法国科学家想进入美国签证受阻的情况。“这类事件日积月累，惹人反感。许多人对我们的动机表现出严重怀疑，”这位专员在给他的华盛顿上司的信中这样写道。
在《纽约时报》的办公室里也听到了来自欧洲的强烈抗议。5月上旬，该报发表了两篇新闻报道，并且配上了一篇社论，题为“鲍林博士的两难处境‘：。这篇社论要求对政府的护照政策进行反思。同时鲍林的抗议信件犹如雪片一样飞向国务院。伯纳尔以及来自芝加哥大学的几位重要的原子科学家也写了一封抗议信，责问国务聊艾奇逊：”鲍林教授到英国去，有何害处？他会带去什么情报？他会在那里说什么坏话？即使他有这个胆量，与那些误导人的广告所带来的破坏相比，又算得了什么，以致这个堂堂大国非要阻碍它最杰出的公民之一出国旅行不可？“爱因斯坦也致函艾奇逊提出了抗议，随后又给鲍林寄去了他个人表示支持的便函。”您为争取旅行权而进行的斗争将功不可没，“他这样写道。”像您这样一位独立思考的人，同时受到美国官方和俄国官方的无理对待，这是一件意味深长的事，在某种程度上也是一件滑稽可笑的事。“甚至杜布里奇对此也无法保持沉默了，他公开宣布鲍林事件是”与我们的民主传统格格不入的“。
接到公民投诉的还不只是国务院。有五六名美国参议员和众议员，其中包括亨利·卡博特·洛奇和理查德·尼克松，读了所在选区选民的愤怒信件和电报后也深有触动，他们要求有关方面澄清这一事件。
至于鲍林，他在各方面的支持下，又重新抖擞精神投入了战斗。一方面，他又寄去了一份要求颁发护照的申请，他打算在那年夏天去英国和法国旅行；另一方面，他对报界发表谈话——他曾对一位记者说：“恕我直言，这一事件自始至终都是一桩丑闻。”他向艾奇逊和杜鲁门写了抗议信，同时还将此事告到了俄勒冈州一位见解独特的参议员韦尼·莫斯那里。据鲍林回忆说，莫斯也被“激怒”了，他在参议院会议上咆哮如雷，痛斥国务院的护照政策是“暴政”，艾奇逊是“一个令人厌恶的政客”。接着他又开始起草新的法律条文，使人在不满意有关方面在护照问题上作出的决定时，有一条上诉的渠道。全国报纸和思想类杂志都对这个问题展开了讨论。
尽管发生了这么多情况，希普利却仍置若罔闻。她要议员们去读一读众议院非美活动调查委员会编写的小册子——《解除美国武装和打败美国的一场运动》，其中详细地描述了鲍林参与共产党阵线活动的情况，企图以此来堵住众人的口。一位科学家接通了她的电话，责问为什么拒发鲍林的护照，她毫不客气地斩断了他的话，说：“我在科学问题上必须听从科学家的意见，因为他们是专家，同样，在拒发护照这么一个技术问题上，科学家也必须服从护照处的决定。”
然而，国务卿艾奇逊可不能采取回避的态度，他想要为他的护照政策辩护。不过，他在研究了这一问题以后，开始认识到，决定是否撤销一个人的护照，并不存在清楚的标准，而且也没有适合的渠道让人申诉。5月下旬，鲍林事件促使国务院在公开场合第一次概括地说明了政府拒发护照的政策，但其使用的语言却非常抽象和含糊，招致新闻界强烈的不满。几个星期以后，艾奇逊发表了较长的一篇解释性文章，其中涉及到如何分步考虑申诉的详细说明，被拒发护照的人可以保留聘请律师帮助辩护的权利。该文措辞似乎给人以这样的印象，就是申诉的办法已经存在好几个月了。但是，这篇文章对鲍林来说完全是新闻，特别是说他还有聘用律师的权利。他立即致函艾奇逊，说他的解释“与我本人所受的对待怎么也挂不上钩”。
抗议的浪潮使人们尤为关注鲍林要求颁发护照的新申请将会有怎样的命运。6月，希普利像往常一样签字拒发。不过，在根据惯例上报艾奇逊办公室盖章批准时，后者要求重新予以审理。在接下来的一个星期里，国务院高层官员深入地议论了鲍林的案子，决定尽量避免把事情闹大，悄悄地结束这一公共关系方面的尴尬局面。于是，希普利的意见遭到否决，鲍林可以领到带有限制条件的护照——只能适用于在英国和法国的短期旅行——而且他还必须签署一份宣誓书，否认自己是共产党员。这事将不公之于众。如有记者问起，官方的口径是：“新的证据”使情况发生了变化，虽然艾奇逊参与了这一决策的过程，但是他的名字将不会出现在有关的任何文件中。除此之外的详细情况也不予提供。
鲍林听到这一消息时，感到非常吃惊，同时也非常兴奋。7月11日，他来到洛杉矶外事办公室，正式签署了宣誓书。7月14日，他领到了护照。
并非每个人都高兴。露丝·希普利因为自己的意见被否定而怒不可遏。胡佛长久以来一直对鲍林感兴趣，此时也被惊动了。他派一个特工找到希普利的办公室，询问“新的证据”是什么。希�